Il Sindaco nomina il Segretario scegliendolo tra gli iscritti all'albo nazionale dei segretari comunali e provinciali; egli è dipendente dell'Agenzia Autonoma per la Gestione dell'Albo dei Segretari Provinciali e Comunali (e non, quindi, dal Comune). Il Segretario svolge compiti (a norma dell'Art. 97 del D.Lgs 7/2000) di collaborazione e assolve funzioni di assistenza giuridico/amministrativa nei confronti degli organi dell'ente in ordine della conformità dell'azione amministrativa alle leggi, allo statuto e ai regolamenti.
La nomina ha una durata corrispondente a quella del mandato del Sindaco che l'ha effettuata. Il Segretario cessa automaticamente dall'incarico con la cessazione del mandato del Sindaco, continuando ad esercitare le funzioni sino alla nomina del nuovo Segretario. Nomina che è disposta non prima di 60 giorni e non oltre 120 giorni dalla data di insediamento del Sindaco, decorsi i quali il Segretario è confermato. Il Segretario può essere revocato con provvedimento motivato del Sindaco, previa deliberazione della Giunta, per violazione dei doveri d'ufficio.

Lo statuto giuridico e il trattamento economico del Segretario Generale sono stabiliti dalla legge.

Il Segretario Generale dipende funzionalmente dal Sindaco (Art. 99 del D.Lgs. 267/2000).

In particolare, il Segretario Generale, a cui può essere conferito dal Sindaco anche l'incarico di Direttore Generale dell'ente:

• partecipa con funzioni consultive, referenti e di assistenza alle riunioni del Consiglio Comunale e della Giunta e ne cura la verbalizzazione;
• esprime il parere di regolarità, in relazione alle sue competenze, su ogni proposta di deliberazione sottoposta alla Giunta ed al Consiglio, nel caso in cui l'ente non abbia responsabili dei servizi;
• può rogare tutti i contratti nei quali l'Ente è parte ed autenticare scritture private ed atti unilaterali nell'interesse dell'ente;
• esercita ogni altra funzione attribuitagli dallo Statuto o dai regolamenti, o conferitagli dal Sindaco. In particolare, nei Comuni privi di dirigenti possono essere demandate al Segretario le funzioni dirigenziali, se non sono attribuite ai responsabili degli uffici o dei servizi (Art. 109 del D.Lgs 267/2000).